Ogni anno le Associazioni che compongono la FIDAS si riuniscono in Congresso nazionale in cui vengono trattati temi inerenti la Federazione, nonché l'evoluzione del sistema trasfusionale italiano: l'organizzazione del Congresso nazionale viene affidata ad una delle Associazioni aderenti alla Federazione.
I lavori del Congresso nazionale si concludono poi con la Giornata del donatore di sangue FIDAS a cui prendono parte delegazioni provenienti da tutta Italia, per un totale di diverse migliaia di persone partecipanti.
Negli ultimi anni il Congresso nazionale si è svolto a:
- 2008 Udine
- 2009 Roma
- 2010 Primero e Feltre
- 2011 Parma
- 2012 Genova
- 2013 Abano Terme e Padova
- 2014 Agrigento
- 2015 Viareggio